杀生剂最好通过本单位试验筛选，进行杀生试验，再应用于现场。选择杀生剂一般需考虑以下因素。

（1）广谱高效 杀生剂应能有效控制种类广泛的微生物，对各种细菌、真菌和藻类均应有效。使用后，杀生率一般应在90％以上。药效应维持24H以上。

（2）与其他化学药剂和使用条件相容 杀生剂应与缓蚀阻垢剂及其他杀生剂匹配相容，不互相干扰。例如，季铵盐与阴离子表面活性剂共用时，易产生沉淀；季铵盐也不宜和氯酚类杀生剂共用；当水中含氨或还原性物质时，会影响氧化性杀生剂的效果。杀生剂的适应pH值应与运行pH值范围相近。

（3）不危害环境 为防止排污水对环境造成公害，应了解杀生剂的毒性等级，同时还需了解当地环保部门的规定，以及允许排放的指标。对杀生剂的降解性能也应作调查或测定。非氧化性杀生剂投用之后，本身可被微生物分解，余毒随时间而降低。投用非氧化性杀生剂时，一般停止排污24H，要排污时，余毒应达到环保要求。

（4）经济实用 杀生剂最好既高效又价廉，来源方便，溶解性能好，使用安全方便。在循环冷却水系统中，杀生剂的种类虽可随时改变，但应作一定的设计规划，选择一个较好的方案。例如采用以氯为主，辅助使用非氧化性杀生剂的方法是经济合理的方法。单独使用非氧化性杀生剂的费用要高出许多倍。从药品经济性这一条来说，任何非氧化性杀生剂都不能与氯相比。因此非氧化性杀生剂不宜长期经常使用，最好是非定期辅助使用。又如两种或两种以上非氧化性杀生剂复合使用可以增效，使杀生剂用量减少、降低费用。

（5）要注意微生物的抗药性 有资料介绍微生物对氯无抗药性，但一般试验均证明微生物对非氧化性杀生剂有抗药性。故应避免长期单独使用一种非氧化性杀生剂，最好两三种杀生剂交替使用。但如偶尔使用非氧化性杀生剂，则不必顾虑抗药性问题。