非氧化性杀生剂都有一定毒性，如排污不当不仅影响河道中鱼类的生存，也影响人类及哺乳动物饮用水的安全性。对其排污应采取相应的措施。

（1）循环冷却水暂停排污 非氧化性杀生剂虽有毒性，但在与微生物作用之后毒性都会有不同程度的降解。水中微生物越多、作用时间越长，降解量越多，水中杀生剂含量越少，排污水对环境的危害越少。所以目前一般采用循环冷却水系统暂停连续排污的措施。即在加入杀生剂之前适当加大排污量，使集水池的液位适当降低。加入杀生剂之后停止排污并停止或减少补充水，循环一定时间之后（一般是24H）再排污并补充水。这样排污水中的杀生剂含量降低很多，对环境影响会减轻。至于停排24H是否最合适，则需根据杀生剂的性质、用量等因素做适当测定后才能判断。必要时还可延长停排时间。

1980年某研究单位曾对含磷量11mg/L、30℃、含好气异养菌量10⁷个/mL的循环冷却水加入双氯酚，对其降解速度做测定，如下：

此例说明使用单位应测定杀生剂的降解速度，以做到排污有数。近年开发的许多新型杀生剂也应测定。

（2）稀释排放 厂区如有不含杀生剂的排放水可作为稀释水与含杀生剂水混合排放。

（3）设缓冲排污池 一些研究单位曾建议设缓冲排污池或利用某些已设的水池，将排污水存放后缓慢排放。池中需有碳源，保持好气异养菌数在10⁷个/mL以上。杀生剂与细菌作用后自然降解。但要求池的体积大，占地面积大。