冷却塔运行一定时间后，塔的木结构会因受真菌侵蚀而腐蚀。这些微生物滋生在水浸不到的地方，因这些部位水中的杀生剂达不到。收水器、通风筒、配水池以及强制通风的其他部分，尤易受到真菌的侵蚀。有些木质冷却塔通常是用有抗真菌性能的红杉心木建成，塔内所用的木材在安装成构筑物之前用杀真菌的木材防腐剂加压处理。但是这些防腐剂在使用多年之后将从木材内沥滤出，或是在运输和安装过程中，木材防腐剂受损，从而易受真菌感染，真菌可导致木材严重损坏。常见的侵害有表面腐烂软化的软腐病，以及从内部破坏纤维素的白腐病。所以对于木质冷却塔进行定期的检查和喷药灭菌处理是很有必要的。喷药的部位为全部木质结构，特别要注意平时水浸不到的地方。现在国内很多工厂已对木质冷却塔每年进行一次喷洒药剂处理。

冷却塔喷洒药剂的工作一般是在停车大检修中进行，塔内停水并清扫冲洗干净后开始喷洒药剂。常用的是含双氯酚的溶液（即NL－4灭菌剂）。因该药剂有毒性并能刺激皮肤和呼吸道，故工作人员在喷洒时要做好防护措施。

喷药处理虽达不到彻底消除真菌危害的目的，但可防止局部受侵蚀的木材加速侵蚀，适当延长使用寿命。特别是喷药处理时彻底清除了塔中附着的黏泥，进行了较彻底的全面杀菌，故大检修后相当长时间内（几个月）系统中微生物危害程度往往大幅降低，菌数较少。