控制微生物不是消灭微生物，只是将其控制在不引起危害的一定数量之内。控制微生物的数量不是根本目的，主要的目的是控制微生物黏泥及其带来的污垢和腐蚀的危害。控制好循环水中的微生物有以下原则。

（1）循环水系统中的杀生措施不可缺少。循环水的环境使微生物以极快的速度繁殖生长。即使补充水中微生物很少，循环水中微生物也可能造成危害。

（2）加强补充水的前处理，严防危害物质进入系统。即避免大量微生物，特别是黏泥进入系统，也就是以预防为主。因为浓缩倍数提高后使黏泥浓缩，一旦有黏泥危害，很难排出系统外。

（3）合理排污，尽力设法将有害物质排出系统外。

控制微生物需采取多种方法综合处理。以下是控制的主要方法，可以单独采用，也可多种方法齐用。

①混凝沉降法 用地表水作补充水时，一般需经混凝处理。混凝处理的主要作用是使悬浮物沉淀，降低水的浑浊度。与此同时，细菌、藻片、黏泥、有机物等也能随混凝过程除去一部分。据调查，约可除去微生物的80％以上，好气异养菌数可降至10³个/mL以下。有机物（COD）也可除去50％左右。当石灰软化与混凝沉淀同时进行时，水的pH值一般控制在9～11的范围。在此高pH值下，一部分微生物不能适应，而难以生存繁殖。

②过滤法 地面水或地下水一般均经过滤后再补入循环水系统。过滤器在滤除悬浮物质的同时，也滤除了部分微生物和黏泥。有些厂经考核，原水经混凝沉淀及过滤之后，各种菌数均减少90％以上。

循环冷却水系统中常进行旁流处理，一般是安装旁滤池。旁滤池为装有石英砂的过滤器。通常是将循环系统中2％～5％的水量通过旁滤池过滤之后再返回系统。旁滤池定期或不定期进行反洗，将过滤的脏物（悬浮物、微生物、黏泥等）排出系统之外，减少其对系统的危害。反洗水往往很脏很臭，含大量微生物及黏泥。旁滤池如使用得当，比无旁滤系统的浑浊度减少50％以上，黏泥量也约减少50％以上。

③化学杀生法 化学杀生法是向循环冷却水系统中投加无机或有机的化学药剂，杀死或抑制微生物生长繁殖，从而控制微生物。该化学药剂为杀生剂，或称杀菌剂、抑菌剂或杀菌灭藻剂。各种杀生剂以各种方式杀伤微生物。有的能穿透其细胞壁，破坏细胞体内的蛋白质，使微生物死亡。有的能破坏微生物中的酶，使其新陈代谢失调，从而窒息死亡或抑制繁殖。有的阳离子表面活性剂能降低细胞壁的可透性，影响微生物吸收营养物及体内废物的排泄，使微生物死亡。

化学杀生法是控制微生物的通用的有效方法。一般为间歇加药。杀生后因菌数降低，黏泥量也相应降低。不论补充水在前处理中是否已经除过微生物，在循环系统中都有必要使用杀生剂。即使系统未进行缓蚀阻垢的化学处理，也有必要进行化学杀生。污染严重的原水，也可先进行化学杀生，再补入循环水系统。

控制微生物应采取多种综合措施。例如，冷却塔周围植树种草坪防风沙，冷却塔及水池加盖遮阳光防藻，冷却塔涂料防藻，池底排污排除黏泥，泄漏的换热器就地排污减少污染物等。这许多措施都是控制微生物的辅助方法。