系统安全性设计包括两方面的基本内容，人员安全和设备安全。深空站建设的安全性设计与常规测控站的安全性设计在很多方面都是相似的，包括配电、防火、避雷、接地、排水、抗静电、发功率告警、天线运动告警以及设备结构清棱清角等。深空站安全性设计特殊之处有：

1）高功放输出功率为10kW，如发生功率反射，常规保护电路无法确保设备绝对安全，会引起速调管等设备损坏，因此，深空站专门设计功放联锁保护电路，以消除此类故障隐患；

2）上行S/X发射功率在波束波导中传播时，能量在镜面之间聚焦，同时还有一部分能量逃逸到外部，这些都会对操作手的人身安全以及系统的电磁兼容性形成威胁。因此在深空站建设中设计波束波导屏蔽罩，一方面在空间上隔离操作手和在波束波导网络中传输的大功率，另一方面，也可以改善机房内的电磁兼容环境；

3）为了提高氢钟性能，时频分系统配置了氢钟恒温箱，保证了氢钟工作环境温度波动被控制在±0.1℃之内，但是一旦恒温箱出现故障，则氢钟散发的热量积累而无法及时导出，反而会影响氢钟性能，因此系统对氢钟恒温箱进行了专门的安全性告警设计，可以及时提取故障征兆，保障了时频分系统工作的可靠性。