1）电渗析是利用电能来迁移离子进行膜分离的，当水中含盐量较低时，水的电阻率就较高，此时电渗析器的极限电流值也较小，电渗析运行易于产生极化。因此一般认为水中含盐量小于10～50mg/L时，不宜用电渗析除盐；换言之，电渗析器出口淡水的含盐量不宜低于10～50mg/L。不像离子交换法可以深度除盐，获得超纯水。

2）电渗析对离解度小的盐类和不离解的物质难以去除。例如对水中的硅酸就不能去掉，对碳酸根的迁移率就小一些，对不离解的有机物就去除不掉。不像离子交换法可以去除硅酸盐，不像反渗透去除物质的范围要广泛得多。

3）某些高价金属离子和有机物会污染离子交换膜，降低除盐效率。

4）电渗析器是由几十到几百张极薄的隔板和膜组成的，部件多，组装较繁，一个部件局部出问题即要影响到整体。

5）电渗析是使水流在电场中流过，当施加到一定电压后，靠近膜面的水的滞流层中，电解质的含量变得极小，从而水的离解度增大，易产生极化、结垢和中性扰乱现象。这是电渗析运行中较难掌握又必须重视的问题。