循环冷却水中的氨是由水源和环境空气带入的，或因含氨及含尿素的水冷却器泄漏带入系统的。尿素可被微生物转化成氨。其造成的危害如下。
（1）产生硝化菌群，生成亚硝酸，大量消耗氧化性杀生剂 加氯杀生时硝化菌群互相转化的关系如下：
由于反硝化细菌与硝酸细菌的双向作用，水中的NO－2很难全部转化为NO－3。NO－2的危害在于其具有强还原性，能够消耗大量氧化性杀生剂。以氯杀生为例，在水中的游离余氯和NO－2不共存。也就是说，NO－2要靠氯氧化成NO－3，在NO－2未被全部氧化成NO－3之前，水中不会产生游离余氯，也就达不到杀生的目的。氯与NO－2的反应式为：
将1mol NO－2氧化成1mol NO－3需要1mol Cl2，即每千克NO－2需要消耗1.54kg Cl2。
（2）使系统pH值下降 如果环境偶尔含氨，因风向使循环冷却水短暂含氨，则因氨的碱性会使水的pH值短时间升高。但持续含氨必然导致硝化菌群繁殖，引起水的pH值下降。这是因为氨不断转化为亚硝酸及硝酸，均为强酸。由于工艺介质泄漏造成的氨污染均为持续性的，均会造成pH值下降。氨污染严重时，下降幅度很大，有时甚至不能在正常pH值指标下运行，有时需加碱以保持正常pH值。
（3）容易导致水中微生物全面失控 氨污染严重时，水中NO－2很多，微生物很难控制。使用氯杀生时，很难达到游离余氯要求的指标。这就容易使各种细菌都繁殖超标。往往随着NO－2的增加，硝化菌群数会猛增，同时还会带动好气异养菌、硫氧化细菌、硫酸盐还原菌、铁细菌、氨化细菌数也猛增。随之，水中产生大量黏泥，COD增加甚至水发黑变臭。工厂习惯称这种微生物失控现象为“水质恶化”。在氮肥厂中几乎每次“水质恶化”都是由漏氨造成的。
（4）与氯生成氯胺化合物，降低了氯的杀生能力 当系统含氨时，部分由亚硝酸细菌转化为NO－2，NH3与NO－2在水中共存。未转化的氨与氯反应成一氯胺（NH2Cl），每千克氨消耗4.18kg Cl2。有人认为一氯胺的杀生力为氯的1/50，因此使氯的杀生力大大降低。应说明的是：从现场数据发现，水中只有一小部分氨转化为一氯胺，大部分没有转化。笔者认为，氨转化为一氯胺的反应速度较慢，而NO－2的氧化速度较快。在快速加氯的条件下，NO－2可较快消失，很快产生游离余氯，使游离余氯可以与氨和化合性氯共存。因此，在循环冷却水系统中氯胺对氯杀生虽有影响，但并不像传统资料介绍的那样严重。
