次氯酸盐也是氯型氧化性杀生剂。常用的有次氯酸钠（NaClO）、次氯酸钙［或称漂粉精，Ca（ClO）₂］及漂白粉［CaCl（ClO）］。次氯酸盐为固体药剂，由于比氯的价格较贵，过去多用于小规模饮用水的消毒。近年来在大型循环冷却水系统也有应用。当用较高浓度次氯酸盐时，对系统有良好的剥离作用，可以用来处理设备上沉积的黏泥。

次氯酸盐溶于水中后能离解产生次氯酸，因此其杀生作用与氯相似。

HClO的离解百分率与pH值有关。故次氯酸盐的杀生效果也与pH值有关。pH值低时，杀生能力较强。

循环冷却水质是结垢型时，为避免结钙垢，一般选用次氯酸钠。水中含钙量少的腐蚀型水则宜选用次氯酸钙或漂白粉。

次氯酸盐价廉、来源方便，运输和使用都比较安全。但贮存期不宜长，以防分解失效。

次氯酸盐加入系统的方式有固态和液态两种。有的将固态次氯酸盐放入带网孔的容器中，放置在冷却塔池水流动的部位，使其随水流而溶解。也可用贮罐将次氯酸盐溶液输入系统。另有一种是采用现场发生器，在国外已有使用。这种现场电解发生器在特定状态下可输出氯气或次氯酸钠。用食盐与水电解可产生约1％浓度的次氯酸钠溶液，存于贮罐，送入系统。该发生器由水软化器、食盐饱和器、电解槽、整流器及次氯酸钠贮罐组成。生产每公斤有效氯需消耗2.5kg食盐、92L水及4.4kW·H电。现场发生器可使工厂免于采购氯或次氯酸钠，但费用会增加。